De grootste kennisbank van het HBO

Inspiratie op jouw vakgebied

Vrij toegankelijk

Terug naar zoekresultatenDeel deze publicatie

Efficient Target-selected ENU mutagenese protocol.

Rechten: Alle rechten voorbehouden

Efficient Target-selected ENU mutagenese protocol.

Rechten: Alle rechten voorbehouden

Samenvatting

De Rattus norvegicus is een van de meest gebruikte diermodellen binnen de wetenschap. Het ‘Rat Genome Project’ gecoördineerd door het Human Genome Sequence Center at Baylor College of Medicine, heeft sinds 2004 meer dan 90 procent van het genoom van de rat in kaart gebracht. Recentelijk is er een methode ontwikkeld om overerfbare mutaties aan te brengen die kunnen leiden tot het volledig uitschakelen van genen. Deze methode heet ‘target-selected mutagenese’. Met reverse genetics (het zoeken naar een phenotype die voortkomt uit een bepaalde sequentie, in plaats van het DNA sequencen van een phenotype bij forward genetics), kunnen geïnduceerde puntmutaties veroorzaakt door een sterk mutagene stof, uiteindelijk zorgen voor knockout rat modellen.

Wereldwijd zijn er momenteel acht knockout ratten lijnen. Waarvan er zes binnen de Edwin Cuppen groep (door middel van target-selected mutagenese) zijn gegenereerd. Deze methode is op verschillende punten geoptimaliseerd. Ten eerste zullen er meer basenparen worden geresequensed, en een tweede modificatie is dat er getracht zal worden de capaciteit van het onderzoek te verhogen waardoor het protocol sneller en efficiënter kan worden uitgevoerd. Ook zal een andere mutatie achtergrond worden gebruikt. Één van de in de vorige ENU screen (Smits et al., 2005) ontwikkelde knockout rattenlijnen zal worden gebruikt, een model waarbij het mismatch repair systeem deficiënt is in het herkennen van mismatches. Mogelijk zal deze achtergrond een extra accumulerend effect hebben op mutaties na inductie door de mutagene stof.

Van 1042 mogelijke targets hebben we een panel van 768 amplicons samengesteld om te resequensen. Deze panel hebben we gebruikt in het onderzoek naar de mutatie achtergrond. Deze bedroeg 1 mutatie op de 3.1 x106 basenparen. De spontane mutatie frequentie van zoogdieren is 1 x 108 basenparen (Drake., 1998). Door het aantal basenparen dat zal worden geresequensed te delen door de mutatie frequentie die is gevonden tijdens de vorige screen, is de hypothese gemaakt dat er 13 knockouts zullen worden gegenereerd. Hierbij is het mogelijke accumulerende effect van de mismatch repair deficiënte achtergrond niet meegerekend.

Toon meer
OrganisatieHogeschool Utrecht
OpleidingBiologie en Medisch Laboratorium Onderzoek
AfdelingLife Sciences en Chemistry
PartnersHubrecht Institute, Developmental Biologie and Stem Cell Research
Jaar2007
TypeBachelor
TaalNederlands

Op de HBO Kennisbank vind je publicaties van 26 hogescholen

De grootste kennisbank van het HBO

Inspiratie op jouw vakgebied

Vrij toegankelijk