Development of culturing methods for Ureaplasma spp. and validation of a quantitative multiplex PCR.
Development of culturing methods for Ureaplasma spp. and validation of a quantitative multiplex PCR.
Samenvatting
Ureaplasma is een van de kleinst zelf-replicerende organismes uit de Mycoplasma familie. Ureaplasma staat bekend om tijdens zwangerschap infecties te veroorzaken en vroeggeboorte te induceren. Een infectie met Ureaplasma tijdens de zwangerschap, kan leiden tot infectie van de neonaat. In de neonaat kan Ureaplasma leiden tot luchtweginfecties zoals longontstekingen. Het Erasmus Medisch Centrum voert geen diagnostiek uit voor Ureaplasma. Hierdoor zijn er geen diagnostische analyses beschikbaar voor onderzoek. Er is daarom een kweekmethode voor Ureaplasma ontwikkeld gebaseerd op de urease activiteit van Ureaplasma in medium en op agar. Daarnaast is een kwantitatieve multiplex PCR ontwikkeld voor Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum en Mycoplasma pneumoniae middels plasmide standaardreeksen. De multiplex qPCR is gevalideerd door singleplex en multiplex analyses te vergelijken middels lineaire regressie en Wilcoxon Signed Rank test.
De resultaten laten zien dat de vloeibare kweek voor Ureaplasma een simpele methode is om Ureaplasma groei te detecteren. De kleuromslag van het medium bevestigd urease activiteit en Ureaplasma groei. Op Ureaplasma agar groeit Ureaplasma, facultatief anaeroob, als donkere “zee-egel”
kolonies. De Ureaplasma kolonies kunnen al na 48 uur incubatie met het blote oog zichtbaar zijn.
De multiplex qPCR voor Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum en Mycoplasma pneumoniae heeft een respectievelijke detectie limiet van 13, 15 en 10 genoom kopieën met een respectievelijke efficiëntie van 106,38%, 102,30% en 105,31%. De validatie voldoet aan de gestelde criteria maar de
standaardlijnen van de singleplex en multiplex reacties verschillen statistisch voor ieder target (P=<0,05). Het verschil wordt mogelijk veroorzaakt door de 104 kopieën standaard die meer cycli afwijkt tussen singleplex en multiplex dan alle andere standaarden. Deze afwijking is voor ieder target vaker geconstateerd waardoor de validatie alsnog is geaccepteerd.
Concluderend, er is een specifieke kweek en detectie methode voor Ureaplasma ontwikkeld in vloeibaar medium en op agar. En er is een specifieke en gevoelige kwantitatieve multiplex PCR ontwikkeld voor Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum en Mycoplasma pneumoniae.
Organisatie | Hogeschool Leiden |
Opleiding | Biologie en medisch laboratoriumonderzoek |
Afdeling | Faculteit Techniek |
Datum | 2019-06-07 |
Type | Bachelor |
Taal | Nederlands |